Pertanian di Indonesia telah mencapai kemajuan yang sangat pesat, khususnya tanaman Hortikultura. Kabupaten Tolikara-Provinsi Papua sangat berdekatan dengan Kabupaten Wamena, merupakan kabupaten yang baru tumbuh kurang lebih 15 tahun, dengan jumlah penduduk kurang lebih 125.000 jiwa (BPS, 2013). Sebagian besar masyarakatnya berprofesi sebagai petani, dan jumlah penyuluh pertanian honorer daerah sebanyak 50 orang.

Untuk memenuhi kebutuhan pangan dan pengembangan pertanian nasional, diarahkan kepada peningkatan produksi tanaman, yaitu pangan, perkebunan, dan hortikultura. Produktivitas berbagai jenis tanaman pangan memperlihatkan peningkatan yang mengagumkan, namun juga diikuti dengan peningkatan pemakaian pupuk kimia dan pestisida. Meningkatnya harga pupuk kimia dan pestisida, serta kurangnya sarana transportasi di daerah-daerah pertanian secara nyata dapat meningkatkan ongkos produksi. Pemakaian pupuk kimia dan pestisida secara kontinyu dan dalam dosis tinggi dapat mengakibatkan penurunan kesuburan tanah, peningkatan pertumbuhan patogen, timbulnya gejala keracunan mineral pada tanaman, serta penurunan ketahanan tanaman terhadap serangan hama dan penyakit.

Di Kabupaten Tolikara, khususnya tanaman hortikultura yang ditanam oleh  petani setempat di Distrik Bokodini, komoditas unggulan seperti sayuran, nanas, kopi dan buah merah, tidak menggunakan pupuk kimia dan pestisida. Tanaman tersebut organic dan sangat aman untuk dikonsumsi oleh masyarakat. Namun karena sulitnya transportasi dan mahal maka belum dapat meningkatkan pendapatan petani secara optimal. Pemerintah daerah melarang penggunaan pupuk kimia kecuali pupuk organik dan pestisida alami untuk menjaga kualitas produksi yang dihasilkan.

            Dalam usaha meningkatkan produksi dan kualitas tanaman dewasa ini, ahli pertanian mulai memperhatikan penerapan konsep-konsep pengendalian hama terpadu, yang mencakup: budidaya tanaman sehat, pelestarian dan pemanfaatan musuh-musuh alam, pengendalian hama non kimiawi dan penggunaan pestisida secara selektif. Hal-hal yang melatarbelakangi pentingnya penerapan pengendalian hama terpadu tersebut adalah semakin seringnya kegagalan panen yang diduga disebabkan oleh ledakan hama dan penyakit serta penurunan kesuburan tanah, hal tersebut dianggap sangat berhubungan erat dengan penanaman jenis sayuran secara monokultur dan penanaman tanaman sejenis secara terus menerus, serta tingginya tingkat pemakaian pupuk kimia dan pestisida.

            Sistem pertanian konvensional yang berdasarkan penggunaan zat-zat kimia telah menimbulkan banyak masalah polusi dan kerusakan sumber daya alam. Selama bertahun-tahun, ahli mikrobiologi dan ekologi mikroorganisme mencoba untuk menggolong-golongkan mikroorganisme tanah kedalam jenis yang menguntungkan atau yang merugikan, tergantung dari fungsi dan bagaimana pengaruhnya terhadap kualitas tanah, pertumbuhan, produksi dan kesehatan tanaman. Atas pertimbangan manfaat mikroorganisme dalam mengurangi masalah-masalah yang berhubungan dengan penggunaan pupuk kimia dan pestisida, sekarang mikroorganisme telah digunakan secara luas dalam pertanian akrab lingkungan dan pertanian organik. Oleh sebab itu Pemerintah daerah dalam hal ini Dinas Pertanian dan Ketahanan Pangan Kabupaten Tolikara melarang penggunaan bahan kimia, baik pupuk maupun pestisida. Semuanya harus organik, namun kepada petani belum banyak diperkenalkan organisme yang dapat menyuburkan tanah, Seperti Efektivitas Mikro Organism (EM) atau sejenisnya, yang dapat digunakan sebagai pemacu atau percepatan dalam pembuatan kompos.

            Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang pemanfaatan mikroorganisme untuk meningkatkan produktivitas tanah dan tanaman, meninjau bagaimana peranan agen hayati dalam meningkatkan produktivitas lahan. Penekanan yang lebih khusus pada mikroorganisme zimogenik dan sintetik yang merupakan tahapan baru dalam perkembangan ilmu agronomi dewasa ini perlu mendapat perhatian untuk dikaji secara lebih mendalam.

            Dalam hal ini produktivitas tanah sangatlah memegang peranan yang penting demi keberhasilan suatu usaha tani, yaitu semakin tinggi suatu produktivitas tanah, semakin tinggi pula hasil panen yang diperoleh dalam usaha tani yang diterapkan. Ahli-ahli pertanian telah menemukan bahwa penambahan bahan organik secara tepat kedalam tanah dapat mencegah erosi tanah, mengurangi kehilangan unsur hara melalui aliran permukaan dan pencucian, serta meningkatkan dan mempertahankan produktivitas dan kesuburan tanah.

            Penyebab penurunan kesuburan tanah sangatlah beragam dan seringkali merupakan kombinasi dari berbagai faktor penyebab. Dapatlah disimpulkan bahwa penyebab utama dari penurunan produktivitas lahan adalah kurangnya pemahaman petani tentang hubungan sinergis antara mikroorganisme yang menguntungkan untuk meningkatkan produktivitas lahan. Faktor-faktor penyebab penurunan kesuburan tanah adalah: 1) residu pupuk kimia dan pestisida di dalam tanah; 2) akumulasi zat-zat yang berbahaya dari akar-akar tanaman yang tersisa; 3) akumulasi mikroorganisme yang merugikan di dalam tanah akibat penanaman tanaman sejenis; dan 4) pemberian bahan organik secara tidak tepat.

            Pertanian organik selalu menghindari faktor-faktor yang dapat menurunkan kesuburan tanah. Namun masalah-masalah yang selalu muncul akibat dari penanaman secara terus menerus masih tetap belum terpecahkan walaupun keseluruhannya diterapkan secara organik. Kenyataan di lapangan menunjukkan, ada kalanya tanaman tumbuh sehat walaupun ditanam pada musim yang tidak cocok, dan ada pula tanaman yang ditanam pada lingkungan yang sama sering terserang oleh penyakit dan hama, sedangkan tanaman yang lainnya tumbuh subur. Apabila kita memperhatikan kualitas tanah dimana tanaman tumbuh dengan suburnya, tanah itu pasti mempunyai kualitas air yang baik, tingginya populasi mikroorganisme yang menguntungkan yang bertugas melarutkan unsur hara dan mengendalikan perkembangan mikroorganisme yang merugikan dengan sifat-sifatnya yang khusus. Jenis mikroorganisme yang menguntungkan pertumbuhan tanaman tersebut diistilahkan dengan mikroorganisme zimogenik dan sintetik (zymogenic and synthetic microorganisms).

            Populasi mikroorganisme yang dominan didalam tanah merupakan hal yang sangat menentukan sifat-sifat tanah secara biologis, yang juga merupakan salah satu faktor penentu produktivitas lahan. Ternyata hal ini seringkali terabaikan dalam usaha meningkatkan dan menjaga kestabilan produksi pertanian. Kurangnya penelitian-penelitian yang mengarah kepada pemanfaatan agen hayati untuk meningkatkan produktivitas lahan merupakan bukti dari kurangnya perhatian peneliti terhadap masalah tersebut.

Peran penyuluh pertanian sangat penting untuk memberikan bimbingan kepada petani dan masyarakat tani dalam budidaya tanaman hortikultura secara organik agar dapat dipertahankan, guna keamanan dan keselamatan konsumen dimana lebih sehat mengkonsumsi tanaman organik.